Ответ: Я не знаю, какую Вы имеете в виду коробку, если деревянную или картонную- то клетка однозначно лучше в плане уборки. В специальной кроличьей клетке есть удобный сетчатый пол, через который моча и экскременты попадают в пластиковый поддон (куда, в отличие от деревянного и картонного не впитываются) из которого легко и удобно убирать.
Кроме того, в коробке у кролика будет закрыт обзор - что для любопытного зверька, наверное, не очень хорошо, кроме того, коробка обязательно будет объедаться.
В клетку удобно крепить поилку и кормушку для сена.
Клетка красивее и эстетичнее коробки, что для квартиры немаловажно.
Резюме - выбирать, конечно Вам, я же советую клетку.