Последнее время мой волнистый попугайчик, после того как в кормушке остается почти одна шелуха от корма, садится на кормушку и, простите, гадит в нее, и потом долго там сидит, как в гнезде. Раньше этого не было. Попугайчик - самец.

Думаю, ничего необычного. Просто понравилось птичке удобное место для сидения. Ведь когда он сидит на жердочке под ней тоже больше помета, чем в других участках клетки.
Если поведение попугайчика в основном не поменялось, он веселый и здоровый, то на сидение в кормушке не стоит обращать внимание.