Моя золотая рыбка - телескоп - лежит у поверхности воды на боку большую часть времени. Если она видит что кто-то подходит к аквариуму, то сразу плавает нормально и ест тоже нормально, а в основном так и лежит. Аквариум большой, всего 2 золотых рыбки и сомик (со второй все хорошо), есть фильтр, подача воздуха, воду я меняю раз в 2 недели полностью и оставляю 1/3 старой воды. Корм только сухой в виде хлопьев "sera". Подскажите, в чем может быть проблема? И если это имеет значения, в аквариуме морские ракушки.

Морские ракушки, если они хорошо промыты, точно не могут причинить никакого вреда. Максимум - повысить жесткость воды, но в Вашем случае проблема в другом, мне кажется, что у Вашей рыбки микобактериоз.
Сделайте, если есть возможность тесты на биохимию воды. Опустите температуру воды до 20’С на несколько дней, это замедлит развитие микобактерий.
Покормите рыбок мотылем, вымоченном в растворе канамицина (0.5-1 г на 50-100 мл воды на полчаса-час) в течение 2 недель.
Затем в последствии, следует проводить профилактические недельные курсы такого кормления каждый месяц. Если откажется есть, нужно сделать немного по-другому:
1. Добавить канамицин из расчета 1г. на 20л. воды.
2. Воду полностью менять ежедневно, снизив дозу канамицина до 0,5 г. на 20 л.
3. Неделю не кормить, затем кормить один раз в день и по-малу, не досыта! Давать ряску, шпаренные одуванчики, салат, шпинат, тертый огурец первыми, затем сухой корм. 4.Создать хорошие условия: аэрация, вода 20-2'1С НЕ ФИЛЬТРОВАТЬ.