Ответ: Такое поведение абсолютно нормально для кошки находящейся на низкой ступени иерархии. Только Главная Кошка или Кот ест там, где поймает добычу, ему не надо бояться, что отнимут. Более низкоранговые уносят в укромное местечко - что у вас и происходит. Кошка ест ПОСЛЕ котенка (более главный, всегда ест первым), боится, отходит - она считает себя ниже, чем котик.
Бороться с этим можно только, подняв социальный статус кошки. Но тогда у вас будут драки, конфликты за главенство. Мне кажется проще подстелить туда, куда она уносит кусочки что-нибудь легко моющееся и не отучать...
Возможно, все изменится, если кошка будет есть из отдельной мисочки в нескольких метрах от котика. И не разрешайте котенку туда подходить - во время еды она должна быть в безопасности.