У меня рыбы-петухи, самка и самец. Вчера они отложили икру, я предварительно пересадила их в отдельную банку. После того как они закончили, я отсадила обоих обратно в аквариум. Сегодня большая часть икры опустилась на дно. Я запустила в банку самца, т.к. по моим наблюдениям икру охранял он. Он ее всю собрал. У меня вопрос: он ее съел или это определенный способ вывода икры? И как поступать в случае повторного икромета, чтобы не допустить каких-либо ошибок?

Вы все сделали правильно, только самца отсаживать не следовало, он вполне мог остаться с гнездом, за которым ухаживает.
Самец ртом собирает икринки, съедая испорченные и неоплодотворенные, в этот период его кормить не стоит. Отсаживать самца нужно, когда мальки принимают горизонтальное положение. Мальков нужно кормить два раза в день специальным кормом, желтком вареного яйца либо науплиями артемии.
Вот статья о разведении петушков на английском, с иллюстрациями:
http://www.bdt.ru/forum/redirect.php?http://bettafleurette.chez-alice.fr/repro.html
http://www.bdt.ru/forum/redirect.php?http://www.bettas-jimsonnier.com/spawning.htm