В породе встречаются наследственные заболевания. Одни из-за того, что их симптомы  поздно проявляются, другие из-за рецессивности, когда у здоровых родителей появляется больное потомство.

У джек-рассел-терьеров встречается заболевание, называющееся вывих хрусталика — смещение хрусталика с места обычного положения. Результатом этого может стать повышение внутриглазного давления (глаукома), что вызывает снижение остроты зрения и даже слепоту.

Как и другие мелкие породы, джек-рассел-терьеры подвержены болезни Легга-Пертеса - заболеванию бедренной кости и тазобедренного сустава, связанному с нарушением кровоснабжения головки бедренной кости и нарушением питания её суставного хряща с последующим некрозом.

Эти два наследственных заболевания встречаются в породе чаще всего. Кроме них бывает эпилепсия, аллергия, наследственная глухота. Это последнее заболевание ассоциируется с белым цветом шерсти — та же проблема встречается у далматинов и других белых собак. Чтобы определить наличие или отсутствия этого заболевания, необходимо провести  BAER-тест. Только так можно определить, слышит собака обоими ушами или только одним.