Командоры живут в среднем 12 лет. Наследственных заболеваний, которые были бы свойственны именно комондорам нет.
Как и у всех собак, встречается некоторое количество случаев заболеваний дисплазией тазобедренного сустава. Так же как и многих крупных пород, у комондоров бывают случаи вздутия живота (заворот желудка). Причины этого заболевания пока неизвестны, но когда это происходит, полость живота увеличивается и наполняется газом, в конце концов, перекручивается внутри грудной клетки. Если вовремя не обратиться к ветврачу, то собака погибает.
Кроме вышеперечисленных заболеваний, у комондоров встречаются: аллергия, катаракта, заворот века, гипотиреоз и кожные заболевания.
