В результате удачных кроссов обычно создаются новые линии, сочетающие ценные качества двух исходных.
В конкретной ситуации часто отдельные этапы могут быть сдвинуты во времени или осуществляться одновременно. Вся работа строится исходя из качества и количества имеющихся в данное время в распоряжении селекционера животных, из конкретных возможностей отбора и подбора. Никаких готовых рецептов здесь быть не может, а шаблон в методах работы с линиями совершенно недопустим.
Работа с линией начинается с ее закладки; с выбора родоначальника. Родоначальник линии прежде всего должен быть выдающимся животным, значительно лучшим по сравнению с теми матками, на которых он используется. Средние по качеству производители не способны двигать породу вперед. Родоначальник должен быть высокоценным производителем как по совокупности своих индивидуальных особенностей (по фенотипу), так и по наследственным качествам (генотипу). Таких животных выбирают или из уже имеющихся в породе на основе их комплексной оценки, или получают специально в результате тщательно продуманного племенного подбора, подкрепленного всеми доступными путями воздействия на организм в процессе его роста и развития с целью полного формирования и выявления свойственных ему потенциальных возможностей. Часто родоначальниками линий становятся рекордисты пород, чемпионы выставок.
В качестве родоначальников линий могут использоваться как чистопородные, так и помесные животные. В последнем случае, имеющем место обычно при выведении новых пород методом воспроизводительного скрещивания или при совершенствовании существующих путем вводного скрещивания (прилития крови), выдающиеся производители из-за высокой гетерозиготности могут иметь «неустойчивую» наследственность. Поэтому при работе с ними особое внимание следует уделять подбору, его типам, которые могут существенно отличаться от применяемых к чистопородным животным.
В зоотехнической литературе долго дискутировался вопрос о том, может ли быть женская особь родоначальницей линии. Ведь по своим продуктивным и племенным качествам многие женские особи не уступают мужским, притом они оказывают даже большее влияние на потомство, чем самцы (через набор хромосом, цитоплазму как среда в период утробного развития и через материнское молоко после рождения). Практика на этот вопрос дала отрицательный ответ.
Дело в том, что существом разведения по линиям является такое племенное использование выдающихся животных, дающих столь же ценное потомство, как и они сами, которое позволяет уверенно и быстро совершенствовать всю породу. А самки всегда оставляют потомков значительно меньше, чем самцы, и поэтому их влияние на всю породу не может сравниться с влиянием самцов. Даже у тех видов животных, которые характеризуются многоплодием (птица, свиньи, собаки, кролики и др.), от самцов по сравнению с самками все равно получают потомков в несколько раз больше. Это, конечно, не значит, что выдающиеся самки не могут оказывать на судьбу породы исключительно большого влияния, Но это влияние реализуется через использование их сыновей включающихся в систему разведения по линиям как мужские особи, а также через работу с семействами, являющуюся составной частью разведения животных по линиям.
Единственным способом, дающим возможность определить производителя как действительно выдающегося, является оценка по качеству потомства. Без оценки производителей по качеству потомства не может быть разведения по линиям. В процессе оценки по потомству выясняется сочетаемость производителя с различными матками и те типы подбора, в которых он дает наилучшие результаты. Оценка по потомству служит апробацией родоначальника и одновременно (если он окажется действительно ценным в племенном отношении) закладкой линии.
Выдающегося родоначальника целесообразно как можно шире использовать при подборе к нему неродственных маток. Действительные масштабы его использования могут быть ограничены объемом породы, то есть численностью маточного поголовья, которое часто бывает лимитировано из-за необходимости одновременно вести работу с несколькими линиями.
