Ответ: Вы не написали, как Вы запускали рыб в новообустроенный аквариум, если всех скопом, особенно, если рыбок немало, то наличие мути вполне понятно. Попробуйте удалить половину рыб в другой аквариум на несколько дней, пока не спадет муть.
Затем в течение нескольких дней, постепенно можно запускать в аквариум. В это время рыбок желательно кормить по минимуму.
Кстати, имеет смысл проверить и перемыть фильтр, возможно проблема в том, что он неправильно установлен или загрязнен.