Ответ: У вас еще маленький щенок - бояться всех и вся - это естественно. Такой период страхов проходят почти все щенки - в природе это помогает им выжить, когда мама уже не охраняет, а сам себя охранять пока не может.
А вот вас собака бояться не должна. Может, вы излишне строги с ней, а Вожака в вас она не видит, вот и пугается вашей немотивированной (на ее взгляд) строгости... Чтобы стать Вожаком, совсем не обязательно быть строгим. Вожак - это не права, а большей частью обязанности. По команде она может не подойти, т.к. команда пока (по возрасту) окончательно не отработана. Лучше не подавать никакие команды, если есть шанс невыполнения, но если уж подали - добиваться выполнения обязательно.
Попробуйте походить на дрессировочную площадку. Инструктор в реале увидит проблемы вашей собаки и даст профессиональный совет, я же ориентируюсь только на ваши слова...