Под чешуей ужа стали появляться наросты похожие на бородавки и с каждым днем их больше и больше!
Они есть и на спинке и на пузе. Около глаза тоже какое-то, желтое пятно, недавно он полинял и был абсолютно гладкий, с чешуей плотно прилегающей к телу. С виду создается впечатление что чешуйки "разлохматились". Что это может быть?

Если уж живет у Вас один, и не было контактов с другими рептилиями, то это, скорее всего пиодермия - гнойное воспаление кожных покровов. Возникает обычно при слишком большой влажности.
Методы борьбы: вскрытие рогового слоя кожи иглой одноразового шприцы, промывание перекисью водорода. Ванночки всего ужа в марганцовке (20 минут, здесь голову желательно не опускать в раствор, раствор яркий, малиновый). Содержание в более сухих условиях. Террариум можно вообще держать сухим, но ванночка с водой быть должна.